红河学院下设有13个学院和1个思想政治理论教研部，拥有53个本科专业，涵盖了文、史、法、理、工、农、经、管、教、艺等10个学科门类。学校以自然科学和人文学科等基础学科为骨干，开设了服务区域经济建设和社会发展，有利于推动国际合作的工学、经济学、管理学、农学和东南亚语言等应用型专业，形成了门类齐全的学科专业体系。

13个学院包括：人文学院、政治学院、理学院、工学院、生命科学与技术学院、商学院、教师教育学院、国际学院、数学学院、体育学院、外国语学院、音乐学院、美术学院。